ソフト側の設定とデータ側の内容をご確認ください。

ソフト側の確認
・会計期間はインポートするデータと一致しているか否か？
・預金や小口現金が含まれている場合、各帳簿が作成されているか否か？
・既にインポートするデータと重複がないか？

インポートデータ側の確認
・1行～3行目など、また最終行あたりに、
・通常データとは異なるものが入力されているか？