有給を打刻したい時は、管理者画面から打刻データ追加または編集画面を表示し、
出勤と退勤を00：00にします。（例：1日有給の場合）

備考欄に「有給」の語句を入力すると休暇のステータスになり、
集計ソフトで打刻データを読み込んだ時に欠勤ではなく有給と認識されます。

詳しい操作方法はこちらから

http://www.de-net.com/manual/timecard_school_ns/sousa/dakoku12_add.htm

※有給の管理機能はありません。